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第九集
从新闻中得知儿子里杰背负双重谋杀的罪名而出逃，林肯想起曾有人告诉他 “父子之中只能活一个”的威胁，他不顾一切的恳求波普准许他在监控下出狱寻找儿子，但对这样的请求，波普也无能为力。
一批新来的犯人抵达了福克斯河监狱，正当苏克雷饶有兴趣地观察着新人们，迈克尔眼睁睁得看到切利自杀但无能为力……而在监狱的另一角，有一些敏锐的眼睛注视着迈克尔等人的一举一动。
尼克告诉维罗妮卡虽然调查充满了危险，但是他们不能再躲着浪费时间，他决定先去找被害人的遗孀，斯迪曼生前的最大的敌人一定就是这些事的幕后主谋。
新入狱的混血儿图纳在狱中受到黑人和白人双方的排挤，“背包”借机不怀好意地接近了他。阿布兹多年以来的威信第一次遭到的动摇，由于迟迟无法得到证人的下落，黑帮指定同牢房的格斯接替了他的位置，他对狱警贝里克的月供由此中断，监狱工厂也不再由他控制。
林肯终于得到了儿子传来的消息，利杰摆脱了秘密探员的追杀，和维罗妮卡走到了一起。
第十集
阿布兹敦促迈克尔尽快透露证人斐波纳契的下落，否则他们无法利用监狱工厂的工作来掩护他们的越狱行动。迈克尔的道德心经受着煎熬：为了挽救兄长，是否能够就此危及另一个无辜的人的生命？
秘密探员黑尔和克勒曼接到了副总统卡罗琳的电话，她对两人的工作相当不满，一个名叫奎因的人将来指导他们的行动。克勒曼愤怒的当面指责副总统不该让奎因插手斯迪曼的谋杀案，因为他所代表的“公司”的势力远超过副总统，甚至白宫的势力范围。
迈克尔被胁迫说出了斐波纳契的下落，阿布兹由此重获监狱工厂的管理权。菲利普-法尔佐内带领人马前往加拿大谋杀斐波纳契，没想到成群的警察已经恭候多时。
迈克尔、苏克雷、阿布兹基本挖穿了警卫室废墟下方的排水沟，一直偷偷观察他们行动的“便条”突然出现，迫于情势，迈克尔的越狱队伍又多了一个人。
维罗妮卡通过聊天软件回复了前未婚夫的问候，但是在因特网的另一端，塞巴斯蒂安早已中弹身亡，奎因利用网络已经追踪而至。
第十一集
迈克尔等人的挖掘工作仍在继续，“背包”无谓地挑起与“便条”的种族仇恨，这时望风的苏克雷警告大家狱警来了。狱警的目标是找迈克尔，在众人诧异的目光中通知他“斯科菲尔德太太”来访。迈克尔在独立的夫妻探视室见到了妮卡，她交给他一张信用卡。维斯特莫兰被告知女儿患上了食道癌，只有几周的时候了，但是法庭不允许他出于探望，除非是参加葬礼。绝望的维斯特莫兰找到了迈克尔，他要加入他们的越狱计划。
尼克告诉维罗妮卡事态的发展早已出乎意料，斯迪曼谋杀案的真相不但关系到林肯的生死，而且有证据表明副总统从斯迪曼的能源研究计划中挪用了数百万资金用于选举。正在此时，奎因闯入了他们的藏身之处，尼克被击伤，维罗妮卡和里杰艰难地挣脱捆绑逃入了丛林，并把追踪而来的奎因骗入了一口深井。
四天之后就是预定越狱的时间，但是迈克尔却心事重重，他告诉林肯经过精确的时间计算，一共有13分钟用来逃脱，每个人要花去2分钟，但是现在他们却总共有七个人。
第十二集
“便条”偷听到迈克尔与林肯的谈话，他告诉阿布兹和苏克雷将有一人被排除在越狱计划之外，阿布兹决定除掉不断惹事生非的“背包”。
维罗妮卡将失血过多的尼克送入了医院，里杰在报纸上看到母亲葬礼的公告，他偷偷溜出医院。探员黑尔守候在墓地，里杰进入了他的视线，克勒曼在电话中指示黑尔跟踪里杰以找到维罗妮卡，但是看着里杰在母亲棺材边痛哭的样子，本已动摇的黑尔内心越发痛苦。
在“便条”的挑拨下，苏克雷对迈克尔的计划疑虑重重。阿布兹命令手下抓住了“背包”，不曾料到却被他用剃刀割开了喉管。
维罗妮卡突然接到一个神秘的电话，黑尔在电话中说如果她愿意为救林肯而继续冒险，那么当晚去高地咖啡屋，他掌握着一些有用的信息。
迈克尔完成了越狱计划的准备工作，所有的管道都已经打通，这时在地面上，望风的林肯发现狱警高里向警卫室废墟走来，为了赢得时间让迈克尔爬出坑道，林肯向高里的脸上打去。
迈克尔爬出洞口后高兴地告诉大家今晚就是预定的越狱时间，但是与此同时，林肯正被两个狱警拖向单独紧闭室……