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第五集
典狱管亨利-波普拒绝了迈克尔的迁移令，黑尔和克勒曼用一份机密文件“说服”了他。迈克尔、林肯、苏克雷和阿布兹聚集在工棚里核对越狱的细节，他们并不知道迈克尔的迁移令已经被批准。
迁移令虽然一时打乱了越狱计划，但在维斯特莫兰的指点下，迈克尔提出了正式申诉，这步棋为他们至少赢得了30天的时间。
维罗妮卡与尼克请专家芬克研究了谋杀案现场的监控录像带拷贝，芬克发现虽然像带的画面看不出剪辑的痕迹，但其中的枪声明显是后期伪造的。维罗妮卡两人感到非常鼓舞，他们立刻去申请调用录像带母带，但却被告知由于水管爆裂导致证据室一片狼藉，母带已经无法使用。
牢房坐便器后的通道已经挖穿了一部分，黑尔和克勒曼以波普私生子的秘密胁迫他毁掉了迈克尔的申诉书。与此同时，迈克尔在苏克雷和阿布兹的掩护下成功的预演了一次越狱过程，测出了越狱所需的时间和警方反应速度。
在被带出福克斯河监狱的最后一刻，波普出现留下了迈克尔，他决心向妻子坦白自己的往事。而在芝加哥的维罗妮卡发现录像带拷贝被盗，她把怀疑的目光投向了尼克。
黑尔和克勒曼向幕后老板报告了失败，那个神秘的女人命令他们把注意力转向林肯：“除了电椅，干掉一个死囚的方式还有很多。”
第六集
迈克尔的挖掘工作遇到了的阻碍：一道坚实的水泥墙。虽然他有把握挖开它，但是一日多次的查房令他没有办法赶上预先计划的越狱日程。苏克雷提议挑起一场骚动，随之而来的防范紧闭期会带来充裕的时间，于是迈克尔设法使监狱的空调系统发生了故障。
维罗妮卡和尼克带着一个好消息来探视林肯，当初声称目击林肯谋杀的报警电话虽然是匿名的，但是尼克却发现它来自遥远的华盛顿，虽然这不足以延期死刑，但至少出现了一个调查的方向。
闷热的牢房终于引发了犯人的暴动，“背包”领着一群人遇见了林肯和新狱警鲍勃，为了保护一直对他非常亲切的鲍勃，林肯被“背包”打昏在地，鲍勃也被犯人们劫持。
为了加快进度，苏克雷和迈克尔一起进入墙洞挖掘，“背包”把打伤的鲍勃扔进了他们的空牢房，不巧的是鲍勃撞下了坐便器，“背包”由此发现了迈克尔的秘密。
迈克尔和苏克雷被响声惊动回到了牢房，阿布兹和“背包”建议干掉鲍勃灭口，迈克尔制止了他们。监视器上显示萨拉被一群犯人围堵在医院，迈克尔焦急万分地赶去救她。
苏醒过来的林肯十分担心弟弟的安危，一个名叫特克的犯人趁机把他引到了一间无人的黑屋。
第七集
监狱的暴动持续升级，迈克尔在通风系统中拼尽全力向医院方向爬去。犯人格斯向波普提出要尽快恢复空调系统，否则他们就对手中的人质鲍勃和萨拉下手。苏克雷再三警告“背包”不许伤害鲍勃，随即独自钻入墙洞挖掘。阿布兹第一次亲眼见到越狱的通道，他也加入到挖掘水泥墙的工作中。
伊利诺斯州州长，即萨拉的父亲带着军队来到了福克斯河监狱，他告诉波普自己根本不在乎要有多少犯人会在暴动中死亡，萨拉的平安是他唯一关心的事情。迈克尔终于爬到萨拉办公室的通风口，借着犯人焚烧纸张的烟雾，他把萨拉拉进了通风系统。
尼克和维罗妮卡到达了华盛顿，他们发现被害人斯迪曼的能源计划危及了石油业的各方利益，就在这时，他们接到一个威胁电话。
林肯在一片黑暗的蒸汽室与特克搏斗，最终特克失足摔下了20英尺的高台，但是他临死仍拒绝透露谋害林肯的动机。苏克雷和阿布兹合力打穿了水泥墙，越狱的目标越来越近了。
萨拉在迈克尔的帮助下从通风系统逃出了牢房区，暴动也渐渐趋于平静，但是“背包”不顾迈克尔和阿布兹的阻止，趁混乱刺死了鲍勃。
救护车内惊魂稍定的萨拉开始怀疑迈克尔为何对监狱构造如此熟悉。
第八集
狱警贝里克不顾一切地要抓住杀害鲍勃的凶手，“背包”威胁迈克尔和阿布兹，一旦任何人供出了他，他要做的第一件事就是透露越狱计划。阿布兹对迈克尔的计划表示了疑虑：他们可以通过墙洞潜入医院，但是单独关押在死囚区的林肯该怎么办？迈克尔设法说动维斯特莫兰在一间警卫室防火，当他们被派去清理火场时，借机挖开位于警卫室下方的排水沟。
回到洛杉矶的尼克和维罗妮卡还没开始调查，维罗妮卡的公寓发生了剧烈的爆炸，侥幸逃过一劫的两人放弃了报警的念头，躲进一处偏僻的小屋继续研究扑朔迷离的案情。林肯的儿子里杰与继父艾德里安生活在一起，秘密探员克勒曼突然出现在他们的住处，争斗中母亲丽萨和艾德里安都被枪杀，里杰赤脚跑出了家门，手中紧紧攥着拍下克勒曼照片的照相手机。
“背包”指使跟班切利诬告另一个犯人特罗基是杀害鲍勃的凶手，年轻的切利沉浸在深重的罪恶感里。
克勒曼和黑尔向副总统汇报行动结果，原来她是一切阴谋的背后主使。